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Stage de fin d’études : Infections urinaires communautaires : quelles bactéries en cause ?

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http://www.medqual-ville.fr/

Je réalise mon stage au sein de MedQual, un centre Ressource en Antibiologie, créé en 2003 dans le cadre du premier Plan National Antibiotiques. Les locaux sont à l’hôpital Saint-Jacques, au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nantes. Le rôle de MedQual est de promouvoir le bon usage des antibiotiques. Une veille épidémiologique prospective sur l’évolution de la consommation et la résistance des antibiotiques principalement dans les établissements de santé mais également en ville est aussi réalisé.

Etude principale du stage

Le but de mon stage est de réaliser un état des lieux des bactéries responsables d’infections urinaires communautaires : étude en fonction du type d’hébergement, de l’âge et de la proportion d’entérobactéries produisant des ß-lactamases à spectre étendu (BLSE). Cette étude a pour objectif d’observer la répartition des agents pathogènes retrouvés dans les prélèvements urinaires en fonction des différents critères cités ci-dessus, ainsi que la sensibilité des bactéries aux antibiotiques pouvant être utilisés pour traiter les infections.

Les données proviennent de 18 regroupements de laboratoires sur les 49 regroupements sollicités. Nous avons à notre disposition un fichier par bactérie, soit 24 fichiers Excel®. Pour chaque bactérie, nous avons les résultats de chaque antibiogramme ainsi que les antibiotiques testés. Nous pouvons avoir de 40 à 15 000 antibiogrammes et de 30 à 50 antibiotiques testés. L’ensemble des données portent sur le mois de septembre 2016. Toutes les souches isolées d’urines ont été incluses. Les renseignements administratifs concernant le patient (âge, sexe, type d’hébergement) ont été recueillis pour l’enquête. Tous les patients des établissements de santé privés et publics et les services d’urgences ont été exclus.

Pour mener à bien cette étude et assurer le contrôle qualité des données, mon choix s’est porté sur la création d’un programme sous VBA. Ce programme permet le nettoyage et le recodage des données, la réalisation de tableaux récapitulatifs et la réalisation des statistiques descriptives.

D’un point de vue statistique, des tests de significativité du Chi-2 ainsi que de Fisher Exact ont été réalisés sous R®. Des classifications sous SPAD® ont aussi été faites.

Missions secondaires

En plus de cette étude, de nombreuses autres missions m’ont été confié. Voici un exemple.

MedQual suit avec attention en ville l’évolution de la résistance bactérienne aux antibiotiques pour deux bactéries : Escherichia coli et Staphylococcus aureus.

MedQual reçoit mensuellement un fichier pour la bactérie E. coli et un fichier pour S. aureus pour chaque regroupement de Laboratoire de Biologie Médicale (LBM). Devant le nombre croissant de données recueillies, un e-outil a été créé permettant d’agréger toutes ces données en une base de données unique sur l’application Web PhpMyAdmin® et de faciliter l’analyse des résultats.

La fréquence de réception des fichiers, ainsi que leur structure varient d’un laboratoire à un autre et afin d’intégrer les données à l’e-outil, MedQual a défini un modèle de fichier à respecter. La mise en forme selon le fichier structure attendue était jusqu’ici réalisée sans automatisation sous le logiciel Excel®. Des programmes pour chaque laboratoire et des macros ont été créés sous SAS® pour obtenir le modèle de fichier à respecter. Ce travail a été réalisé l’année dernière, en stage, par une étudiante de LP SIS.

Dans la continuité du stage de l’année dernière, j’ai fait la mise à jour des programmes et macros-SAS®. Pour de nombreux laboratoires, il y a eu des changements de structure des fichiers, des noms de variables qui ont changé. Ces nouveaux noms n’étant pas reconnus par les macros, il a fallu mettre à jour celles-ci afin qu’ils soient reconnus. Depuis le départ de l’ancienne stagiaire, de nouveaux laboratoires ont rejoint le réseau MedQual-Ville. Il a donc fallu, à partir d’une de leur extraction de fichier, créer les programmes (Escherichia coli et Staphylococcus aureus) pour ces nouveaux laboratoires. Au cours des 4 mois de stage, j’ai créé les programmes pour 11 nouveaux laboratoires.

Thomas

 

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