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Stage de fin d’étude : Utilisation des antibiotiques dans les élevages avicoles

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Depuis avril, je réalise mon stage au sein de l’ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail) de Ploufragan, dans les Côtes d’Armor (22).

L’ANSES est un établissement public créé le 1er juillet 2010 dont son siège se situe à Maisons-Alfort, dans le Val-de-Marne (94). Elle est issue de la fusion de l’AFSSA (Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments) et de l’AFSSET (Agence Française de Sécurité Sanitaire de l’Environnement et du Travail). Sa principale mission est d’assurer la sécurité sanitaire humaine dans les domaines de l’environnement, du travail et de l’alimentation.

Le plan Ecoantibio 2017

Ma principale mission au cours de ce stage a été d’analyser des données récoltées dans le cadre du plan Ecoantibio 2017. Ce plan lancé en 2012 prévoit entre autres la réduction de 25% de l’usage des antibiotiques en médecine vétérinaire d’ici 2017, afin de lutter contre la résistance des bactéries aux antibiotiques (ou antibiorésistance).

En 2012, une étude de l’ANSES montrait que 51% des lots de poulets de chair standard recevaient au moins un traitement antibiotique et que 90% de ces administrations étaient réalisées dans la première semaine de vie des animaux. La période de démarrage des lots de poulets (2 premières semaines) comprend par ailleurs plus de la moitié de la mortalité totale que l’élevage connaîtra. Cette période est donc considérée comme cruciale pour la réussite du lot.

L’étude menée par l’ANSES dans le cadre du plan Ecoantibio 2017 consistait à visiter 50 élevages de poulets de chair répartis sur toute la Bretagne. Deux visites étaient effectuées : la première était menée 1 jour après l’arrivée des poussins tandis que la deuxième était effectuée 3 jours après leur arrivée. Plusieurs paramètres ont été relevés lors de ces visites, comme la température et la luminosité à différents endroits de l’élevage, la teneur en chlore de l’eau ou encore le poids d’un échantillon de 100 poussins. A la fin du lot, l’éleveur renvoyait également une fiche listant le nombre de poussins morts chaque jour durant toute la durée de l’élevage.

Un des 50 élevages visités
Un des 50 élevages visités

Mon travail

Au cours de ce stage, j’ai principalement utilisé les logiciels R, Microsoft Excel et Access.

Mon premier travail a été d’effectuer des analyses descriptives des données et de créer plusieurs nouvelles variables. Le but de ces travaux était de déterminer quelles variables seraient intéressantes à conserver avant de lancer le croisement des données. Ce croisement devait permettre de déterminer les réponses aux questions suivantes :

  • Quelles sont les conditions les plus appropriées pour le démarrage d’un lot de poussin ?
  • Dans quelles conditions les antibiotiques sont-ils le plus souvent utilisés ?

Une fois que les variables à conserver furent déterminées, j’ai pu effectuer divers croisements entre elles sous R. Dans un premier temps, différents tests (Chi-2, Spearman…) ont permis de déterminer quelles variables explicatives semblaient le plus liées aux variables « Mortalité » et « Nombre d’antibiotiques ».

Après avoir supprimé les variables explicatives liées entre elles afin de ne pas brouiller les résultats, j’ai pu finalement lancer l’ACM, toujours sous R grâce au package FactoMineR, qui a permis de distinguer deux genres d’élevage en fonction de leur fréquence d’utilisation des antibiotiques.

La conclusion de l’étude est pour l’instant privée, mais nous avons bel et bien découvert des critères permettant de déterminer les conditions dans lesquelles un éleveur utilise des antibiotiques et celles qui influencent la mortalité lors du démarrage des lots.

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