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Stage de fin d’étude : MedQual Etablissement de Santé – Unification des données

Cette année, deux étudiants de la LP SIS ont été en stage à MedQual : Thomas et moi-même (Fanny).

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MedQual est une association qui a déjà pris des étudiants de LP SIS en stage. L’article « Stage de fin d’étude : analyses statistiques de données et programmation » contient les missions réalisées par les étudiantes (Solenne et Marie-Anne) de l’année 2016.
MedQual, pour Médicament Qualité, est un organisme créé afin de surveiller les consommations en antibiotiques des établissements de santé des Pays de la Loire, ainsi que l’avancement de la résistance bactérienne dans ces mêmes établissements de santé et dans les laboratoires de ville. Il possède également un rôle d’informateur et de sensibilisateur.
L’association est divisée en deux champs d’application : l’un se concentre sur les établissements de santé, l’autre sur les laboratoires de ville. Chaque étudiant est dans l’une des parties et est suivi par un maître de stage différent. Thomas est dans la partie dite « MedQual Ville » et s’occupe des données venant de laboratoires de ville, il est suivi par Sonia Thibault. Pour ma part, je suis dans l’autre partie et suis suivie par Aurélie Marquet.

Mon sujet de stage :
Depuis 2008, MedQual recueil les données de consommation et de résistance de différents établissements de santé de Pays de la Loire. Un e-outil permet l’extraction des données de consommation antibiotique sous forme de document Excel. Cependant, les données de résistance bactérienne sont beaucoup moins formatées, elles peuvent être sous format PDF, Excel ou Word.
Le nombre d’établissement participant à l’étude des données de consommation antibiotique et de résistances bactériennes varient d’une année sur l’autre. Chacun des établissements participant possède un ou deux fichiers par année, l’un pour la consommation antibiotique et l’autre pour la résistance bactérienne. L’objectif du stage est de réunir tous ces fichiers en un seul et unique document Excel, puis de réaliser plusieurs analyses descriptives dessus, notamment l’évolution des consommations de différents antibiotiques.

Le rassemblement des données :
Chaque fichier de consommation contient plus d’informations que nécessaire, seules certaines lignes doivent être récupérer, le nombre de ligne et leur position dans le fichier variant d’une année à l’autre. Chaque ligne contient 2 valeurs d’intérêt : les DDJ (Dose Délivrée Journalière) et les DDJ/1000JH (Journée d’Hospitalisation). Les DDJ/1000JH sont nécessaires pour comparer les consommations de différents établissements, car elles prennent en compte, contrairement à la DDJ seule, le nombre de JH. En effet, un Centre Hospitalier Universitaire, par exemple, consommera plus d’antibiotiques parce qu’il a plus de patient que les autres établissements. Cependant, une fois le facteur « nombre de patient » retiré, sa consommation antibiotique est comparable à celle des autres établissements.
Toutes ces valeurs ont été récupérées à l’aide de RStudio, en utilisant une fonction différente par année, important, sélectionnant et joignant les données. Le format variable des données de résistance bactérienne a empêché toute forme d’automatisation, la récupération des données s’est donc réalisée à la main.

Les statistiques descriptives :
Une fois l’ensemble des données récupérées, l’évolution des consommations de l’ensemble des antibiotiques mais aussi des différentes familles antibiotiques a pu être étudiées. Une feuille Excel a été créer comportant l’ensemble des médianes, premiers et troisièmes quartiles, sur chaque année, ainsi que leur représentation graphique pour chaque famille antibiotique.
Avant cela, l’évolution des caractéristiques des établissements participant a été observé. Un élément s’est révélé intéressant : une forte augmentation de 2011 à 2012 du nombre d’établissements de santé appartenant à une même catégorie. Cette catégorie consommant peu d’antibiotique, cette augmentation a eu pour conséquence de diminuer artificiellement les médianes de consommation à partir de 2012.

Idée future :
L’une des actions qui doit être menées suite à ce stage est la création d’une sélection d’établissement qui serait représentative de l’ensemble de établissements de santé de Pays de la Loire et fixe dans le temps, afin de pouvoir suivre avec précision l’évolution des consommations.
De plus, cette sélection permettrait de réaliser des tests statistiques afin de vérifier des caractéristiques de consommation de certaines catégories d’établissement, afin d’établir des « profils de consommation ».

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