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Stage de fin d’étude : Développement d’un outil statistique pour la validation des méthodes d’analyses d’un laboratoire

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Dans le cadre de la validation du cursus de la licence professionnel de Statistique et Informatique pour la Santé (LP SIS), réaliser un stage dans une structure de seize semaines au minimum est demandé à l’étudiant afin de mettre en œuvre les compétences du concerné dans le domaine et d’en juger sa pertinence. C’est dans ce cadre que j’ai choisi le laboratoire d’hydrologie de Nancy (LHN).

1. ANSES

L’ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’Environnement et du travail) est une agence créée en 2010 issue de la fusion de l’AFSSA (Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments) et de l’AFSSET (Agence Française de Sécurité Sanitaire de l’Environnement et du Travail). La compétence de l’agence est large et intégrative. Ses missions consistent assurer la sécurité sanitaire humaine dans le domaine de l’environnement, de l’alimentation et du travail mais également la santé animale et des végétaux. L’agence possède onze laboratoires de référence qui participent à la recherche, à la veille sanitaire et à l’expertise scientifique dans toute la France et jusqu’à l’île de la Réunion.

2. Laboratoire d’hydrologie de Nancy (LHN)

Le Laboratoire d’Hydrologie de Nancy (LHN) est un des laboratoires de l’ANSES, situé à Nancy depuis 2005, anciennement appelé l’AFFSA-LERH (Laboratoire d’Etudes et de recherche en Hydrologie). C’est un laboratoire de référence national, il compte une vingtaine de personnes qui sont employées dans deux unités distinctes, la microbiologie des eaux et la chimie des eaux. Les activités du laboratoire suivent les exigences de la norme NF EN ISO/CEI 17025. Le laboratoire est spécialisé dans les eaux destinées à la consommation humaine, les eaux de loisirs et les eaux minérales. Il effectue pour cela des recherches en chimie et microbiologie des eaux sur des problématiques sanitaires.

3. Objectifs

L’objectif de ce stage est la mise place d’un outil informatique permettant de centraliser dans un seul jeu de données l’ensemble des données pour la caractérisation d’une méthode, en particulier lorsque la méthode porte sur plusieurs paramètres comme pour les pesticides.

Le laboratoire d’hydrologie est tenu d’établir un rapport pour le compte de la direction générale de la santé (DGS) où doit figurer un certain nombre d’indicateurs statistiques (variance de répétabilité, CV de fidélité intermédiaire….) ainsi que certaines informations. Parmi celles-ci on retrouve : nom de la substance (ex : Arsenic, As), étude (NF T 90-210, NF ISO 11352), matrice (eau douce, eau minérale), date d’analyse, etc. permettant d’évaluer les performances de la méthode (méthode normalisée ou inter de laboratoire). Le choix d’avoir demandé tous ces détails n’est pas anodin. En effet, l’objectif était d’automatiser la synthétisation des données à l’aide d’un outil et obtenir un rendu via une application afin de faire gagner du temps aux personnels.

Les calculs de ces indicateurs se font assez aisément par le personnel via Excel®. Les méthodes multi-paramètres nécessitent l’utilisation de quatre fichiers.

La première étape a été de créer une table unique regroupant l’ensemble des référentiels, des variables et les observations nécessaire aux traitements des données.

4. Normes de référence

Les besoins du laboratoire porte sur 4 référentiels comportant des exigences spécifiques. Il ressort que les tests statistique à mettre en œuvre sont proches ce qui simplifie les phases de programmation. Il en est de même pour les représentations graphiques.

5. Mise en place de l’outil informatique

Le laboratoire à sa disposition plusieurs logiciels informatiques (excel, R, Statisticaet Access) pouvant être mis en œuvre. Après concentration,  le choix s’est orienté vers le logiciel R, en développent un script ainsi qu’une application web (shiny) pour avoir une interface interactive plus dynamique.

Le déploiement de l’outil est réalisé ensuite sur le serveur recette shiny pour la qualification opérationnelle. La dernière étape est la mise en ligne en production de l’application sur un autre serveur se situant également sur le site de Maisons-Alfort afin de rendre l’application accessible à l’assemble des agents. L’image présente l’écran du serveur recette shiny via l’utilisation de l’application WinSCP.

Soudjai B.

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