Nous (Marie-Anne et Solenne) réalisons actuellement notre stage au sein de MedQual, situé à l’hôpital Saint-Jacques, au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nantes. MedQual est un centre Ressource en Antibiologie, créé en 2003 dans le cadre du premier Plan National Antibiotiques.

Le rôle de ce centre est de promouvoir le bon usage des antibiotiques et la vaccination. MedQual réalise également une veille épidémiologique prospective sur l’évolution de la consommation et la résistance des antibiotiques principalement dans les établissements de santé mais également en ville.

Stage d’analyse statistique de données (Solenne)

Le sujet de mon stage concernant l’analyse statistique des données est l’étude de l’évaluation de pratiques professionnelles (EPP) sur la prise en charge des infections urinaires dans les établissements de santé des Pays de la Loire.

Cette étude rétrospective s’inscrit dans une démarche régionale et a pour but d’améliorer les pratiques de prise en charge des infections urinaires au vu des nouvelles recommandations de la Société de Pathologies Infectieuses de Langue Française (SPILF).

Pour cela, j’ai réalisé une étude statistique à partir de données recueillies dans les établissements participants à l’étude. Les données ont été colligées sous forme de tableau Excel® et ont été aussi analysées sur le logiciel SAS®.

L’évaluation des pratiques professionnelles de santé correspond à la mise en œuvre de méthodes et outils d’amélioration des pratiques professionnelles, dans le cadre d’une démarche individuelle ou collective. Cette évaluation est mise en place en réponse à un décret d’application définissant l’EPP comme étant « l’analyse de la pratique professionnelle en référence à des recommandations et selon une méthode élaborée ou validée par la Haute Autorité de santé (HAS) et inclut la mise en œuvre et le suivi d’actions d’amélioration de la pratique ». L’EPP a donc pour but l’amélioration de la qualité des soins rendu aux patients par les professionnels de santé. De plus, elle vise à promouvoir la qualité, la sécurité, l’efficacité et l’efficience des soins et de la prévention. L’évaluation des pratiques professionnelles, avec le perfectionnement des connaissances, fait partie intégrante du développement professionnel continu (DPC).

L’étude qui m’a été confiée doit donc permettre de vérifier si les patients pris en charge pour des infections urinaires dans les Pays de la Loire ont reçu le traitement indiqué dans les recommandations de la SPILF  en fonction de leur diagnostic, leurs différents signes cliniques et leurs potentiels facteurs de risques. Cette étude permet également aux établissements :

  • de connaitre la prise en charge des infections urinaires dans leur propre établissement
  • de se comparer aux données régionales
  • de mettre en place des actions correctives afin d’améliorer leurs pratiques.

Programmation (Marie Anne)

En ville, MedQual suit l’évolution de la résistance bactérienne aux antibiotiques pour deux bactéries : Escherichia coli et Staphylococcus aureus.

Pour cela, un réseau MedQual-Ville regroupant des laboratoires d’analyses médicales volontaires a été créé pour recueillir, depuis 2008, les données issues des antibiogrammes. Seuls les prélèvements positifs à E. coli ou à S. aureus sont pris en compte. Un antibiogramme est une technique mettant en contact une bactérie avec un ou plusieurs antibiotiques afin de tester leur sensibilité et donc leur efficacité vis-à-vis de cette bactérie. Ces antibiogrammes renseignent sur la résistance ou la sensibilité des bactéries à chaque antibiotique testé.

En 2016, le réseau MedQual-Ville est constitué de plus de 300 laboratoires de biologie médicale (LBM) de ville. En général, les LBM sont constitués à la fois de sites de prélèvements et d’un plateau technique de bactériologie. Le biologiste du plateau technique est notre correspondant, il centralise tous les antibiogrammes du regroupement et fournit chaque mois à MedQual un fichier anonymisé pour la bactérie E. coli et un fichier pour S. aureus. Devant le nombre croissant de données recueillies, un e-outil a été créé.

Du fait de ces regroupements, MedQual travaille en relation avec une cinquantaine de laboratoires. La fréquence de réception des fichiers, ainsi que leur structure varient d’un laboratoire à un autre. Afin d’intégrer des données à l’e-outil, un modèle de fichier est pré-établi mais selon les automates des biologistes, le fichier issu de l’extraction des données n’est pas homogène. L’intégration des fichiers dans l’e-outil est non-automatisée à ce jour et nécessite l’intervention d’une personne pour rendre le fichier importable, jusqu’ici réalisée sous le logiciel Excel®.

Une fois les fichiers de données traités et mis en forme, ils sont envoyés à l’équipe d’expertise en bactériologie pour une nouvelle étape de validation. Cette étape a pour intérêt la vérification de la cohérence des données fournies.

L’objet de mon stage est d’automatiser le traitement et la validation bactériologique de ces fichiers de données en vue de la probable extension au niveau national. L’objectif est de rendre le travail de MedQual plus productif, l’automatisation permettra un gain de temps considérable pour l’équipe ainsi qu’une sécurité au niveau de la qualité des données (moins de risque d’oublis ou d’erreurs). Il est entièrement réalisé sur le logiciel SAS® et nécessite la rédaction de plusieurs protocoles qui permettront à l’équipe d’utiliser le logiciel facilement.

Marie-Anne et Solenne

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